CHILDHOOD CANCER REPOSITORY

Powered by

Alex's Lemonade Stand Foundation

Neuroblastoma PDCLs OPEN

 
NeuroblastomaOxygen Condition
 2%5%20%5%
 Suffix
Request Cell Line Phase of Therapy Sample Type PDX MYCN ALK GD2 TH TMM p53 h2 h none hnb
 CHLA-100Dxtumor A       ✓ 
 CHLA-101Dxbone marrow A   TERT   ✓ 
 CHLA-105Dxbone marrow A       ✓ 
 CHLA-117BDxbone marrow         173 
 CHLA-122Dxbone marrow AWT++TERTF102 72 
 CHLA-123Dx blood A       ✓ 
 CHLA-126Dxbone marrow         116 
 CHLA-129Dxtumor         165 
 CHLA-137Dxtumor        98144 
 CHLA-138Dxbone marrow        107144 
 CHLA-139Dxbone marrow        7199 
 CHLA-14Dx  A  +TERT  117144 
 CHLA-142Dxbone marrow          ✓ 
 CHLA-143Dxbone marrow         ✓ 
 CHLA-144Dxbone marrow AWT+-TERT  60133 
 CHLA-15Dxtumor NR1275Q++TERTF50 21 
 CHLA-151Dxtumor A R1275Q +TMM-  124✓ 
 CHLA-152Dxtumor        107108 
 CHLA-153Dxbone marrow          ✓ 
 CHLA-16Dxpleural fluid NR1275Q +TERT  8089 
 CHLA-160Dxtumor A      9290 
 CHLA-27Dxbone marrow AF1174L      ✓ 
 CHLA-29Dxbone marrow AWT +TERT   ✓ 
 CHLA-30Dxtumor A  +TERT   ✓  
 CHLA-42Dxbone marrow NR1275Q +TERTF  ✓ 
 CHLA-43Dxbone marrow AWT      ✓ 
 CHLA-44Dxbone marrow N  +TERT   ✓ 
 CHLA-54Dx  A       ✓ 
 CHLA-78Dxbone marrow A     54 277 
 CHLA-83Dxbone marrow A     39 198 
 COG-N-261Dxtumor AWT +TERT   124 
 COG-N-263Dxtumor NWT +TERT   119 
 COG-N-265Dxtumor AWT +TERT   178 
 COG-N-276Dxbone marrow AWT +TERT   61 
 COG-N-278Dxtumor AWT +TERT   88 
 COG-N-293Dxtumor AWT +TERT   88 
 COG-N-294Dxtumor AR1275Q +TERTNF  350 
 COG-N-295Dxtumor NF1174L +TERT   58 
 COG-N-296Dxbone marrow A  +TMM-   347 
 COG-N-297Dxtumor AWT +TERT   28 
 COG-N-299Dxtumor AWT +TERT   347 
 COG-N-303Dxtumor AWT -TMM-   84 
 COG-N-305Dxtumor AWT +TERT   187 
 COG-N-311Dxbone marrow         ✓ 
 COG-N-312Dxbone marrow A  +TERT   35 
 COG-N-316Dxbone marrow A  +TERT   94 
 COG-N-320Dx tumor     TMM-   89 
 COG-N-322Dx tumor AWT +TERT   106 
 COG-N-323Dxtumor NWT      25 
 COG-N-324Dxbone marrow AWT +TERT   257 
 COG-N-328hDxtumor AWT +TERT  116  
 COG-N-331Dxbone marrow AWT +TERT   55 
 COG-N-333Dxbone marrow AF1174L +TERT   73 
 COG-N-347Dxbone marrow AWT +TERT  ✓126 
 COG-N-349Dxbone marrow AWT +TERT  ✓192 
 COG-N-353Dxbone marrow AWT +TERT  ✓144 
 COG-N-354Dxbone marrow A  +TERT  112  
 COG-N-367Dxbone marrow AR1275Q +TERT  ✓49✓
 COG-N-373Dxbone marrow AWT +TERT 182 126 
 COG-N-386hDxbone marrow     TERT  ✓  
 COG-N-442hDxbone marrow NWT +Unknown 57 98 
 COG-N-445Dxbone marrow AWT +TERT ✓90217✓
 COG-N-462hDxbone marrow AWT +TERT 120144  
 COG-N-474Dxbone marrow AF1174L +TERT ✓✓187 
 COG-N-480h2Dxbone marrow✓AWT +EST 277  158
 COG-N-490hDxbone marrow AWT +TERT  61  
 COG-N-491hDxblood AWT +TERT ✓198 ✓
 COG-N-496Dxbone marrow✓AWT++TERT 16513985✓
 COG-N-497Dxbone marrow A  +TERT ✓76✓✓
 COG-N-500Dxbone marrow N  +TERT   112✓
 COG-N-504Dxbone marrow N       315✓
 COG-N-509hnbDxbone marrow N  +EST    350
 COG-N-518hDxbone marrow✓N  +ESTN 267  
 COG-N-531hDxbone marrow A      ✓ ✓
 COG-N-532Dxbone marrow N   Unknown 55239✓✓
 COG-N-539Dxtumor A      ✓✓✓
 COG-N-540Dxbone marrow N   TERT ✓144267 
 COG-N-542hDxbone marrow A      ✓  
 COG-N-544Dxbone marrow N   Unknown ✓102✓✓
 COG-N-546hDxbone marrow✓A     161165 ✓
 COG-N-548Dxbone marrow N     161✓✓ 
 COG-N-554Dxbone marrow A     ✓✓✓ 
 COG-N-556Dxbone marrow A     ✓✓ ✓
 COG-N-557Dxbone marrow✓AF1245L+ TERT 124136114✓
 COG-N-562 Dxtumor N  +EST ✓✓✓ 
 COG-N-563Dxbone marrow A     ✓✓✓✓
 COG-N-571Dxbone marrow N      ✓✓ 
 COG-N-572hDxbone marrow N      ✓  
 COG-N-573Dxbone marrow✓AWT +TERT 25792239✓
 COG-N-574Dxbone marrow A     ✓✓✓✓
 COG-N-575Dxbone marrow A     ✓✓✓✓
 COG-N-581hDxbone marrow A     ✓✓  
 COG-N-582hDxbone marrow A     ✓✓  
 COG-N-585Dxbone marrow A     ✓✓✓✓
 COG-N-586Dxbone marrow A     ✓✓✓✓
 COG-N-590Dxtumor✓AWT++TERT  187277✓
 COG-N-600Dxbone marrow A     ✓✓✓✓
 COG-N-603Dxtumor✓AWT+ TERT 1175874✓
 COG-N-626hDxbone marrow       ✓✓ ✓
 COG-N-628Dxbone marrow✓AWT+   144103131 
 COG-N-636Dxtumor✓AWT+   12890154✓
 COG-N-651hDxbone marrow✓N   TERT 89315 ✓
 COG-N-675 Dxbone marrow N     98✓84158
 COG-N-682Dxbone marrow✓A   TERT 86596995
 COG-N-683Dxbone marrow✓A +   835377105
 COG-N-700Dxtumor✓N negTERT 161169144✓
 COG-N-708Dxtumor✓N +   N210257✓
 COG-N-709Dxtumor✓N     ✓114✓✓
 COG-N-732Dxtumor✓A   Unknown 17892169 
 COG-N-733Dxtumor A   Unknown ✓96117 
 COG-N-734Dxbone marrow A   TERT  9112484
 COG-N-740Dxtumor✓    Unknown ✓✓14773
 COG-N-742Dxtumor     Unknown  107 ✓
 COG-N-743hDxtumor✓    TERT 21777  
 COG-N-750Dxbone marrow   + ALT   120 
 COG-N-791Dxtumor✓    TERT  116✓ 
 COG-N-845Dxbone marrow✓    TERT ✓✓✓ 
 LA-N-2Dxtumor     TERT   ✓ 
 LA-N-5Dxbone marrow AR1275Q++TERT   100 
 NB-1643 dbGaP info iconDxtumor AR1275Q +TERT   ✓ 
 SK-N-BE(1)Dxbone marrow AWT +TERTF51 96 
 SMS-KANDxtumor AWT++TERTF62 95 
 SMS-KCNDxtumor AR1275Q++TERTF117 109 
 SMS-MSNDxbone marrow         ✓ 
 SMS-SANDxbone marrow AF1174L +TERTF  71 
 CHLA-102PDtumor A   ALT  7566 
 CHLA-103PDtumor A      112200+ 
 CHLA-108PDbone marrow A   Unknown 75 63 
 CHLA-109PDbone marrow     TERT   ✓ 
 CHLA-110PDbone marrow A      6053 
 CHLA-116PDbone marrow        92139 
 CHLA-118PDbone marrow         141 
 CHLA-119PDbone marrow AWT++TERTNF  88 
 CHLA-120PDtumor        200+  
 CHLA-125PDbone marrow A       ✓ 
 CHLA-127PDtumor         ✓ 
 CHLA-132PDbone marrow N  +TMM-   ✓ 
 CHLA-140PDbone marrow NWT +    ✓ 
 CHLA-145PDbone marrow AWT -TERT 60 128 
 CHLA-146PDbone marrow N       187 
 CHLA-150PDbone marrow NR1275Q     100112 
 CHLA-161PDbone marrow A       ✓ 
 CHLA-164PDbone marrow         ✓ 
 CHLA-183PDbone marrow N       36 
 CHLA-20PDtumor NR1275Q++TERTF45 28 
 CHLA-21PDbone marrow A       ✓ 
 CHLA-22PDbone marrow N       ✓ 
 CHLA-247PDbone marrow AWT +TERT   ✓ 
 CHLA-253PDtumor AWT  TERT   ✓ 
 CHLA-255PDtumor         ✓ 
 CHLA-28PDbone marrow AF1245C      ✓ 
 CHLA-34PDbone marrow N       ✓ 
 CHLA-41PDtumor AWT      ✓ 
 CHLA-46PDtumor AWT      ✓ 
 CHLA-58PDtumor         ✓ 
 CHLA-70PDbone marrow N + ALT   ✓ 
 CHLA-95PDtumor AR1275Q  TERT   248 
 COG-N-269PDtumor NWT -TERT   91 
 COG-N-289PDtumor A WT +TERT   38 
 COG-N-291PDbone marrow NWT +TMM-   224 
 COG-N-318PDtumor AWT +TERT   129 
 COG-N-321PDbone marrow A  +TERTNF65% 128 
 COG-N-325PDtumor AWT +    55 
 COG-N-327PDbone marrow AWT +TERT  ✓204 
 COG-N-334PDbone marrow AWT +TERT  ✓48 
 COG-N-346PDtumor NWT +TERT  ✓  
 COG-N-372hPDbone marrow NWT +TERT  ✓96 
 COG-N-381hPDfluid     TERT  36  
 COG-N-387hPDbone marrow AWT +  248267  
 COG-N-396hPDtumor     TERT  96  
 COG-N-443hPDbone marrow NF1245C +Unknown 10751✓ 
 COG-N-469hPDbone marrow NF1174L +TERT  70  
 COG-N-473hPDbone marrow AWT +TERT  100✓✓
 COG-N-475hPDtumor AR1275Q  TERT  96126 
 COG-N-478PDbone marrow NWT +TERT  ✓224✓
 COG-N-482hPDbone marrow A  +TERT  ✓  
 COG-N-507hPDbone marrow A   TERT  102  
 COG-N-508hPDbone marrow A   TERT  ✓  
 COG-N-511h2PDbone marrow N  +TERT ✓  ✓
 COG-N-512 PDbone marrow A     193 ✓ ✓
 COG-N-513PDbone marrow A     103✓✓✓
 COG-N-514PDbone marrow A      ✓✓✓
 COG-N-515PDbone marrow A +   ✓✓✓ 
 COG-N-549PDtumor✓NF1174L +  6067126✓
 COG-N-553PDbone marrow A + TERT 1207751✓
 COG-N-579hPDbone marrow✓N  +   120 ✓
 COG-N-618PDbone marrow✓NWT+   13157102 
 COG-N-619PDbone marrow✓NWT    819495 
 COG-N-623PDtumor✓AWT+   8388126✓
 COG-N-707PDbone marrow✓A +    7591 
 COG-N-711hPDblood N +    103  
 COG-N-731PDbone marrow✓A +    ✓ ✓ 
 COG-N-752PD bone marrow       350210165 
 COG-N-793hPDbone marrow   +    165  
 COG-N-818PDtumor✓    TERT ✓ ✓ 
 LA-N-1PDbone marrow AF1174L+ TERT   ✓ 
 LA-N-6PDbone marrow ND1091N +ESTF  150 
 NB-Ebc1 dbGaP info iconPDtumor NWT +    ✓ 
 SK-N-BE(2)PDbone marrow AWT++TERTNF37 27 
 SK-N-FIPDbone marrow NWT +ALT   ✓ 
 SMS-KANRPDbone marrow AWT +TERTF55 69 
 SMS-KCNRPDbone marrow AF1174L++TERTF45 72 
 SMS-LHNPDtumor N  +TERTF  216 
 CHLA-111bPD-BMTbone marrow         ✓ 
 CHLA-134PD-BMTbone marrow AWT + NF  ✓ 
 CHLA-136PD-BMTblood AWT++TERTF907844 
 CHLA-172PD-BMTbone marrow NWT + NF  110 
 CHLA-188LPD-BMTbone marrow AWT      ✓ 
 CHLA-188RPD-BMTbone marrow AWT      ✓ 
 CHLA-190PD-BMTtumor         ✓ 
 CHLA-51PD-BMTbone marrow NWT + F  ✓ 
 CHLA-79 dbGaP info iconPD-BMTtumor NWT +TERTF  ✓ 
 CHLA-8PD-BMTtumor AWT + F  ✓ 
 CHLA-90PD-BMTbone marrow NF1245Vneg-ALTNF  59 
 COG-N-476PD-BMTtumor AWT +TERT  ✓50✓
 CHLA-11PD-BMT, PMblood AWT++TERTN 7453 
 CHLA-12PD-BMT, PMbone marrow AWT +TERTN 5065 
 CHLA-171PD-PMperipheral blood NWT++TERTNF  89 
 CHLA-225PD-PMfluid AWT +TERTN  62 
 CHLA-52PD-PMbone marrow AF1174L +TERTN  86 
 CHLA-53PD-PMblood AF1174L +TERTN  92 
 CHLA-60PD-PMbone marrow NWT +TERTF  96 
 CHLA-61PD-PMblood NR1275Q +TERTF  102 
 COG-N-399PD-PMblood AWT +TERTF ✓40✓
 COG-N-415PD-PMblood✓A F1174L +TERT  6450✓
 COG-N-421PD-PMblood✓AWT++TERTN 6565 
 COG-N-440PD-PMblood✓AWT++TERTF14713665✓
 COG-N-452PD-PMblood✓AF1174L +TERTF20412274✓
 COG-N-453PD-PMtumor✓AWT +TERTF21012071✓
 COG-N-470PD-PMblood✓NF1174L +TERTF13910382 
 COG-N-471PD-PMblood✓AWT +TERTN   128
 COG-N-505PD-PMblood AWT++TERTF✓✓79 
 COG-N-519PD-PMblood✓AWTneg+TERTN635538✓
 COG-N-529PD-PMblood NWT +TERTF986981✓
 COG-N-534PD-PMblood NF1245C++TERTN ✓144 
 COG-N-536hPD-PMblood AR1275Q +TERTN✓128  
 COG-N-561PD-PMblood✓AF1245I +TERTF99124103✓
 COG-N-564hPD-PMblood✓A ++TERT 11698  
 COG-N-577PD-PMblood N  +TERT ✓✓✓✓
 COG-N-615PD-PMblood✓N  +TERT ✓117  
 COG-N-645PD-PMblood A   TERT ✓✓✓✓
 COG-N-660hnbPD-PMblood✓N   TERT  158 ✓
 COG-N-672PD-PMblood✓A + TERT  ✓80 
 COG-N-685PD-PMblood✓A   Unknown 126165 124
 COG-N-748PD-PMblood✓A   TERT  ✓139✓
 COG-N-813PD-PMblood✓N     ✓ ✓ 
 COG-N-815PD-PMblood✓A   TERT ✓✓✓✓
 COG-N-853PD-PMpost mortem blood✓    TERT ✓ ✓ 
 COG-N-863hPD-PMblood✓    TERT     
 Felix dbGaP info iconPD-PMblood✓NF1245V +TERTF 62277 
 FU-NB-2006PD-PMblood NWT +TERT  7248 
 CB-JHAN           ✓ 
 CB-JMN           ✓ 
 CHLA-104 bone marrow        161161 
 CHLA-106 bone marrow     TERT   ✓ 
 CHLA-124 tumor        124200 
 CHLA-13   N  +TERT  12296 
 CHLA-157 bone marrow     TERT   ✓ 
 CHLA-158 bone marrow     Unknown   ✓ 
 CHLA-159 tumor     Unknown   ✓ 
 CHLA-162 tumor        116✓ 
 CHLA-163 tumor        165231 
 CHLA-165 tumor        99136 
 CHLA-168 bone marrow        126100 
 CHLA-169 tumor        277✓ 
 CHLA-17   AWT      ✓ 
 CHLA-174 tumor N       ✓ 
 CHLA-175 tumor N       ✓ 
 CHLA-179 bone marrow A       ✓ 
 CHLA-18 bone marrow NWT +TERT  13399 
 CHLA-182 bone marrow     TERT   ✓ 
 CHLA-185 tumor     Unknown   ✓ 
 CHLA-19 bone marrow NWT     200+200+ 
 CHLA-234 tumor NWT      ✓ 
 CHLA-248 tumor         ✓ 
 LA-N-7       TERT   ✓ 

1 - Phase of therapy for the patient at the time the specimen used to derive the cell line was obtained
Dx (Diagnosis): cell lines derived from samples of patients prior to treatment
PD (Progressive Disease): cell lines derived from samples of patients who relapsed after chemotherapy
PD-BMT: cell lines derived from samples of patients who relapsed after chemotherapy and bone marrow transplantation
PD-PM: cell lines derived from samples of post-mortem patients who relapsed after chemotherapy

2 -MYCN oncogene amplification
N: MYCN Non-Amplified
A: MYCN Amplified

3 - TP53 gene function
F: Functional
N: Non-Functional

4 - EWS/FLI1 Status
FLI1: friend leukemia insertion - chromosome 11, t(11;22)
ERG: ets-related gene - chromosome 21, t(21;22)

ALK mutation

WT: Wild Type

TMM:Telomere Maintenance mechanism

✓ = Available/available upon request

SQ- subcutaneous injection

TV- intravenous (tail vein)

EST- ever shorter telomeres, i.e. telomerase and ALT negative

TERT+- telomerase positive

ALT - alternate lengthening of telomeres, C-circle positive